Osnova sekce

  • Sbalit Rozbalit

    Sbalit vše Rozbalit vše

    ESF II - projekt Západočeské univerzity v Plzni

    registrační číslo CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013239

    Metody kosterní biologie 2 (MKB 2)

                                                  Toto dílo podléhá licenci Creative Commons 4.0 ve variantě BY-SA

                                                                                      






    Vítejte!

    Nacházíte se na stránkách předmětu Metody kosterní biologie 2. V tomto kurzu se seznámíte s pokročilými metodami výzkumu kosterních nálezů. Cílem kurzu bude rozšířit dosavadní poznatky o vybrané metody a postupy.






     

  • Sbalit Rozbalit

    Informace ke kurzu

    Základní informace o obsahu i průběhu kurzu, cíle kurzu a podmínky úspěšného absolvování kurzu.



    • Anotace kurzu a medailonek autora Stránka

      Anotace

      Kurz MKB 2 je zaměřen na představení pokročilých metod sběru dat či metod analýzy, které se používají v současné antropologii. Předmět seznamuje studenty s teoretickými základy a praktickými aplikacemi přírodovědeckých technik využívaných při studiu biologie lidské kostry. Hlavní témata se budou odvíjet od výběru a zamření studentů. Jedná se např. o   bioarcheologické využití zobrazovacích technologií (CT, RTG), využití mikroskopie, 3D analýzy dat a virtuální rekonstrukce fragmentů kostí, chemických metod (hmotnostní spektrometrie, rengenové spektrometry XRF), datovacích technik, molekulárních metod aj. Cílem kurzu je ukázat na význam přírodovědných disciplín k poznání životních podmínek člověka a jeho sociální i geografické diverzifikace v minulosti.


      Cílová skupina kurzu

      Druhý ročník magisterského studia Antropologie populací minulosti.

      Předmět nemá podmiňující ani vyloučené ani informativně doporučené předměty.


      Časová dotace kurzu

      ZS, přednáška 1 [HOD/TYD] seminář 1 [HOD/TYD]


      Potřebné vybavení účastníka kurzu

      Doporučené: notbebook, software GIMP, Inkscape, Blender, Avizo-Amira, ImageJ. Vše je také k dispozici na dvou stolních PC v laboratoři biologické antropologie (LBA).


      Medailonek autora včetně fotografie


      Mgr. Anna Pankowská Ph.D.

      Odborný asistent na Katedře antropologie (ZČU)

      Kancelář: SP 215 (častěji v laboratoři biologické antropologie, vedle učebny SO 118)

      Zaměření: retrospektivní antropologie (bioarcheologie, paleopatologie, tafonomie, smrt a pohřbívání)

      Vzdělání: Ph.D. (2014) 1. lékařská fakulta, Univerzita Karlova (Ústav dějin lékařství a cizích jazyků)





    • Cíle kurzu a podmínky absolvování Stránka

      Cíle kurzu

      Osvojit si pokročilé metody využívané v kosterní antropologii.


      Po abslovování kurzu budete schopni

      • vektorizovat terénní kresbu
      • používat polarizační mikroskop
      • popsat mikrostrukturu kostní tkáně, odlišit lidskou kost od zvířecí na histologické úrovni a odhadnout věk pomocí histomorfometrických metod
      • rozlišit diagenetické procesy na histologické úrovni kosti (základy histotafonomie)
      • použít 3D skener
      • spojit skeny pomocí software Blender a publikovat model online
      • vytiskonout model pomocí 3D tiskárny
      • použít Agisoft PhotoScan pro tvorbu 3D fotografií


      Podmínky úspěšného absolvování kurzu

      Docházka do kurzu bude součástí hodnocení. V případě zvýšené neomluvené absence některého ze studentů/studentek bude vyučující tuto situaci řešit snížením výsledného hodnocení. Studenti budou pracovat na semestrální práci a vypracují a přednesou jednu prezentaci na dané téma. Studenti budou dále plnit jednotlivé úkoly na cvičení, tj. práce s mikroskopem, 3D skenerem, softwary pro digitální kresbu atd. Kurz je zakončen zápočtem a zkouškou.


      Pokyny pro přípravu prezentace

      V průběhu semestru je student povinen přednést jednu prezentaci na téma pokročilé metody využívané v antropologii. Prezentace bude vycházet z téma diskutovaných s instruktorem. Prezentace budou probíhat v 2. polovině semestru kdy každý týden bude mít prezentaci jen jeden student. Rozsah ústní prezentace bude 45 min. Zbytek hodiny bude věnováno diskuzi a otázkám. Aktivní účast všech studentů v diskusi bude vyžadována a bude zároveň součástí hodnocení pro zápočet. Přejímání již zpracovaných prezentací z jiných zdrojů je nepřípustné a porušilo by etický kodex univerzity se všemi důsledky. Pro prezentace bude dostupný dataprojektor a prezentace budou tudíž připravené v Power Pointu. Věnujte velkou pozornost formální upravě prezentace, protože ta bude součástí výsledného hodnocení. Samotná prezentace by měla mít tuto strukturu:

       

      1. Název příspěvku, jméno studenta, ročník, studijní obor a předmět (MKB2)

      2. Představení metody (historie, terminologie)

      3. Princip metody 

      4. Aplikace metody v antropologické praxi (příklady několika studií) 

      5. Diskuse a závěr (zhodnocení metody, její použitelnost, kritika, další možnosti využití)

      6. Bibliografie




  • Sbalit Rozbalit

    Využití chemických metod v kosterní antropologii

    Přednáška lektora bez praktického semináře.

    Využití chemických metod v antropologii (hmotnostní spektrometrie: LA ICP MS, portable X-ray Fluorescence devices pXRF); ukázky výstupů z dílčích výzkumů, aplikace a měření.

  • Sbalit Rozbalit

    Mikroskopie

    Přednáška lektora s praktickým seminářem.

    Mikroskopie (stručný úvod do teorie). Součástí cvičení bude osvojení základní manipulace se stereoskopickým a metalografickým mikroskopem a software NIS v laboratoři biologické antropologie (Nikon Stereoscopic Zoom Microscope SMZ1500 a Nikon LV150NL s LED EPI osvětlovačem). Studenti si vyzkouší aplikaci histomorfometrické metody pro odhad věku. Návod a protokol budou mít studenti k dispozici. Výsledek odevzdají vyučujícímu.

  • Sbalit Rozbalit

    Metody terénní antropologie (kresba, digitalizace, vektorizace)

    Přednáška lektora s praktickým seminářem.

    Digitalizace kresby. Studenti budou potřebovat dva grafické softwary: GIMP https://www.gimp.org/downloads/ a Inkscape https://inkscape.org/release/0.92.3/. Softwary budou také nainstalovány na laboratorním PC. Použijeme modelovou fotografii vypreparované kostry a terénní kresbu z lokality Foivos na ostrově Astypalia (Řecko). Tištěný návod bude studentům k dispozici v laboratoři (nikoliv v elektronické podobě). Během cvičení si studenti kresbu vyzkouší pod vedením lektora a během domácí přípravy si ji sami vytvoří a odevzdají.

  • Sbalit Rozbalit

    3D skener

    Přednáška lektora s praktickýcm seminářem.

    3D scanner. Studentům bude ukázán laboratorní 3D scanner NextEngine a budou představeny možnosti jeho aplikace v kosterní antropologii. Studenti si vyzkouší práci se software Blender 2.79, který si mohou volně stáhnout do svých počítačů nebo využít laboratorní počítač. Úkolem bude spojit několik skenů kostí a soubor uložit a odeslat vyučující. Možným výstupem bude také zpracování obrazu a tisk na 3D tiskárně (podle počtu přihlášených studentů).

  • Sbalit Rozbalit

    3D tisk

    Seminář je v těsné návaznosti na předešlý seminář. Studenti si mohou vytisknout model, který si před tím naskenovali nebo stáhli z volně dostupných serverů. Obsahem semináře bude také diskuze nad využitím 3D tisku v kosterní antropologii a úvod do teorie zpracování a analýzy 3D dat.

  • Sbalit Rozbalit

    3D fotografie

    Studentům budou představeny možnosti aplikace 3D fotografie v kosterní antropologii. Studenti si vyzkouší práci se software Agisoft PhotoScan, který je nainstalovaný na stolním PC v laboratoři biologické antropologie (LBA). Úkolem bude vyfotografovat objekt a zpracovat obraz do publikovatelné podoby.

    • Ukázka výstupu Stránka

      Fotografii vytvořila Petra Uhlík Spěváčková (Pankowská et al. 2016)

  • Sbalit Rozbalit

    Prezentace studentů

    Viz podmínky absolvování kurzu!

  • Sbalit Rozbalit

    Závěr

    Pro úspěšné absolvování kurzu prosím vyplňte závěrečný evaluační dotazník.